Как известно, управление таможенным делом возлагается на членов Правительства РФ, ФТС и ГТК. Соотношение функций в данной системе таково: во главе данной системы Правительство РФ, наименьшая часть функций отведена ГТК. Основными вопросами, связанными с осуществлением таможенных операций, занимается ФТС.

К наиболее типовым вопросам, которыми занимается ФТС, можно отнести:

- операции защиты и обеспечения экономической стабильности РФ;

- предотвращение контрабандных операций;

- взимание таможенных пошлин, налогов;

- оформление таможенных документов;

- ведение таможенной статистики;

- принимает участие в переговорах международного уровня;

- занимается организацией таможенных операций.